Bruk av guanidinhydroklorid

1. Den kan brukes som legemidler, plantevernmidler, fargestoffer og andre organiske syntesemellomprodukter. Den kan brukes til å syntetisere 2-aminopyrimidin, 2-amino-6-metylpyrimidin, 2-amino-4,6-dimetylpyrimidin, og brukes til å produsere sulfadiazin, sulfametazin, sulfametazin og andre sulfa-legemidler Intermediate.
2. Guanidinhydroklorid(eller guanidinnitrat) reagerer med etylcyanoacetat for å danne 2,4-diamino-6-hydroksypyrimidin, som brukes til å syntetisere anti-anemi folsyre. Det kan også brukes som et antistatisk middel for syntetiske fibre.
3. Det kan også brukes som et proteindenatureringsmiddel.
4. Som en sterk denaturant i eksperimentet med å ekstrahere totalt RNA fra celler. Deguanidinhydrokloridløsningen kan løse opp proteiner, noe som fører til ødeleggelse av cellestruktur, ødeleggelse av sekundærstruktur av kjerneprotein og dissosiasjon fra nukleinsyrer. I tillegg kan RNase inaktiveres ved reduksjonsmidler som f.eksguanidinhydroklorid.